Santé

Covid-19: quels scénarios pour l'arrivée de l'hiver?

Temps de lecture : 7 min

Alors que le pic des contaminations au sous-variant BA.5 semble atteint, quelles sont les différentes pistes possibles de l'évolution de la pandémie à l'entrée dans la saison froide?

Nous nous trouvons dans une situation inédite, avec un sous-variant majoritaire et une soupe de sous-variants qui lui colle au train. | Florian Glawogger via Unsplash
Nous nous trouvons dans une situation inédite, avec un sous-variant majoritaire et une soupe de sous-variants qui lui colle au train. | Florian Glawogger via Unsplash

Actuellement, en France, près de 60.000 personnes sont testées positives au Covid chaque jour, mais on ignore totalement le nombre de contaminations réelles sur le territoire national. Les Britanniques –les seuls en Europe à fournir des estimations fiables des contaminations, grâce à des techniques éprouvées de sondages répétés de leur population– ont pu noter que la sous-estimation allait d'un facteur 4 à un facteur 25 entre les PCR positives et la réalité des contaminations.

Si l'on transpose cette estimation au cas de la France, ce sont peut-être 240.000, voire plus d'un million de contaminations quotidiennes qui passent en large partie sous les radars de la veille sanitaire aujourd'hui. Personne n'en sait rien –pas Santé publique France, en tout cas.

Contentons-nous donc des cas rapportés et plutôt des tendances qui s'en dégagent, en faisant l'hypothèse qui nous semble raisonnable que la sous-estimation serait relativement constante d'une semaine sur l'autre. Nous avons pu observer une nette hausse des cas rapportés dès le début du mois de septembre et, depuis quelques jours, la situation semble se stabiliser, signant l'arrivée d'un pic pour cette vague due au sous-variant BA.5 d'Omicron. Le taux de reproduction effectif, le fameux Re, est en effet désormais en baisse, proche de la valeur 1.

Nous arrivons donc à un nouveau carrefour de cette pandémie, avec différentes routes possibles, plus ou moins goudronnées, pour la suite et l'entrée dans la saison froide. Si la route devient mal pavée aujourd'hui, c'est parce que nous nous trouvons dans une situation inédite, avec un sous-variant majoritaire et une soupe de sous-variants qui lui colle au train.

Nous constatons aussi une accélération préoccupante du rythme des vagues pandémiques. Nous en avons connues deux en 2020, à nouveau deux en 2021, mais déjà quatre en 2022. Répétons-le: personne n'a de boule de cristal, et nous ne savons pas davantage prédire la pandémie que la météo. Nous ne faisons pas courir nos modèles de prévision au-delà de sept jours, et encore en nous trompant souvent. Nous n'allons donc donc pas prédire ce qu'il va se passer cet hiver, mais nous proposons d'envisager ensemble trois scénarios possibles.

Vers une fin 2021 bis?

Le premier est un scénario optimiste. Après avoir atteint, en France mais aussi bientôt dans toute l'Europe de l'Ouest, le pic de cette vague BA.5, la courbe des contaminations pourrait se mettre à baisser durablement. Les autres variants trépignant dans leurs starting-blocks trébucheraient tour à tour, sans inquiéter l'accalmie qui s'installerait alors pour de bon. Cela nous laisserait au moins quelques semaines de répit et une période de Noël enfin tranquille.

On ne va pas se mentir, cette version semble assez peu probable tant rien n'est fait pour contenir la propagation du virus et de ses multiples variants –ni masques dans les transports et les lieux clos, ni protocoles d'aération, ni contrôles sanitaires aux frontières… Tout ne repose plus, presque partout dans le monde, que sur la vaccination, qui permet certes de fortement limiter les formes graves et de réduire les risques de Covid long, mais pas de bloquer de nouvelles vagues.

Passons au deuxième scénario, un scénario bis repetita, qui ressemblerait de près à ce que nous avons connu fin 2021, lorsque Omicron a supplanté Delta sans laisser, en France, la courbe épidémique (Delta) fléchir, ou, dans d'autres pays d'Europe, en ne lui concédant qu'une courte décrue. Par rapport à 2021, le timing de 2022 serait en avance de deux mois –le pic de la vague épidémique Delta ayant été observé le 15 décembre 2021, celui de BA.5 le 15 octobre 2022.

Nous aurions donc l'un des sous-variants candidats, dont le plus prometteur semble être BQ.1.1 –même si XBB ou BA.2.75.2 pourraient aussi jouer les trouble-fête–, qui remplacerait rapidement BA.5 sans nous laisser vraiment le temps de reprendre notre souffle, et avec une ampleur, une contagiosité et une virulence dont nous ne connaissons rien à ce jour.

On suspecte en effet que ces nouveaux sous-variants échappent fortement à l'immunité, raison pour laquelle ils semblent se qualifier actuellement contre BA.5. Mais ils restent des recombinants de sous-variants d'Omicron, dont les vaccins existants ont montré jusque là leur capacité à limiter les formes graves.

BQ.1.1, un sous-variant
qui échapperait à l'immunité

Arrêtons-nous un instant sur ce sous-variant BQ.1.1, qui a fait couler beaucoup d'encre ces derniers jours. Il compte donc parmi les sous-variants qui constituent cette «soupe d'alphabet», pour reprendre les termes de la docteure Maria Van Kerkhove lors de la conférence de presse de l'Organisation mondiale de la santé du 5 octobre 2022. C'est un descendant du sous-variant BA.5 d'Omicron.

Selon CovSpectrum, il est en pleine croissance et représenterait environ 30% des cas dépistés en Île-de-France entre le 7 et le 18 octobre. Si ces chiffres sont à prendre avec précaution, car ils résultent de séquençages sur de très faibles échantillons et que BQ.1.1 n'est pas distinguable par le simple criblage, il reste néanmoins assez clair que BQ.1.1 est un sérieux candidat à la succession de BA.5.

À l'instar de plusieurs autres sous-variants émergents, il est appelé «pentagone» par plusieurs scientifiques sur les réseaux sociaux, car les sous-variants de ce groupe possèdent au moins cinq mutations communes codant pour les sites stratégiques de la protéine Spike, qui permet au virus de s'accrocher puis pénétrer dans nos cellules.

À ce jour, nous suspectons que ces mutations rendent ces variants plus contagieux, et qu'ils échappent davantage à l'immunité conférée par une infection préalable au Covid-19 ou par la vaccination. Il a aussi été évoqué que BQ.1.1 provoquerait davantage de symptômes digestifs que les autres souches de coronavirus. Qu'en savons-nous aujourd'hui? À vrai dire, pas grand-chose.

Nous savons déjà que le Covid-19, depuis l'origine, cause chez certaines personnes des diarrhées, nausées et vomissements, ce ne serait donc pas une nouveauté. D'ailleurs, si l'on recherche le SARS-CoV-2 dans les eaux usées, c'est bien parce qu'il transite par les intestins. Mais cela ne suffit pas à affirmer que BQ.1.1 provoque plus souvent ce type de troubles.

En effet, pour arriver à de telles conclusions, il faudrait pouvoir observer des séries plus importantes de patients infectés par ce sous-variant. Comme tous les cas ne donnent pas, loin s'en faut, lieu à un séquençage, et que ce sous-variant est encore très récent, ces séries de cas n'ont pas encore été publiées. Reste que –la pandémie nous y invite depuis le début– nous devons faire preuve de modestie face à un possible signal faible qui sera à investiguer.

Le risque d'infections
et de réinfections

Ce n'est pas tant que ces symptômes digestifs soient particulièrement inquiétants, c'est plutôt que l'on risque de passer à côté du diagnostic en cas de troubles digestifs isolés cet hiver. Or, on sait que pour certaines personnes particulièrement vulnérables, passer à côté du diagnostic de Covid, et donc de traitements préventifs des formes graves, peut être fatal. Cette situation doit nous faire penser au mode de fonctionnement de la pharmacovigilance. Elle se base en effet sur des notifications spontanées de réactions indésirables qui constituent des signaux d'alerte précoces, qui seront confirmés ou non par la suite.

Pensons au cas des fluoroquinolones, des antibiotiques notamment utilisés pour traiter des infections urinaires. Ce sont des cliniciens qui ont eu les premiers l'intuition d'un lien entre l'administration de fluoroquinolones et la survenue de tendinites du tendon d'Achille. Corrélation qui est devenue causalité, après des investigations plus approfondies. Dans tous les cas, que BQ.1.1 cause ou non des problèmes digestifs en plus grand nombre, la prudence est de mise. Et dès lors que l'on est touchés par des symptômes évoquant une virose, il est important de porter un masque et se faire tester pour le Covid.

Nous ne connaissons pas, aujourd'hui, les conséquences des réinfections
sur nos organismes à court, à moyen
et à long terme.

Revenons à nos scénarios. Le troisième serait celui de la route la moins balisée, une version inédite de la pandémie où aucun des sous-variants candidats ne prendrait véritablement la tête du peloton et où plusieurs d'entre eux coexisteraient en même temps, ou tour à tour mais en rafale.

Non seulement nous n'aurions pas de répit entre la fin de la vague BA.5 et le début des contaminations par cette soupe d'alphabet, mais, aussi, la situation épidémique pourrait rester sur un plateau élevé et quasi continu dès lors que les réinfections successives à l'un puis à l'autre variant entretiendraient un haut niveau d'incidence.

Des réinfections dont aujourd'hui nous ne connaissons pas les conséquences sur nos organismes à court, à moyen et à long terme, mais pour lesquelles nous pouvons redouter un nombre élevé d'hospitalisations et de décès. Sans parler d'un risque accru d'émergence de nouveaux variants, et de celui qui, un jour, pourrait s'avérer plus virulent.

Sans sombrer dans le catastrophisme, ce scénario, plausible aujourd'hui, nous place aussi devant des risques accrus de Covid longs sur des populations et des systèmes de santé déjà fragilisés par près de trois ans de pandémie. L'absentéisme pèserait alors sur des économies fragilisées, et la perte de confiance envers des autorités qui ont laissé filer les contaminations pourrait faire monter plus encore les populismes et les mouvements anti-science de tous bords.

Ce scénario, certes le plus pessimiste des trois, constituerait alors un cran supplémentaire dans l'évolution de cette pandémie, que d'aucuns veulent voir terminée à la fin de chaque vague, avec une accélération épuisante et désormais sans relâche, dont on ne sait pas exactement où elle pourrait finir par nous conduire.

Martelons-le: nous devons améliorer la qualité de l'air intérieur

Nous persistons à penser qu'il y a des moyens peu liberticides et efficaces de mieux prévenir les risques d'une telle accélération épidémique. Le premier serait de reconnaître l'accélération de la pandémie et de cesser de déclarer que la ligne d'arrivée est en vue, ou que la pandémie est finie.

Le deuxième serait de fixer enfin des seuils au-dessus desquels la circulation du virus serait jugée trop importante pour se passer du port du masque dans les lieux clos et les transports publics. Le troisième serait de rappeler à la population qu'elle n'est protégée des formes graves de Covid, aiguës ou chroniques, que par une vaccination récente et à jour de tous les rappels, en incluant enfin les enfants, qui paient un trop lourd tribut à cette maladie.

Enfin, martelons que nous ne pourrons pas faire l'économie d'une amélioration de la qualité de l'air intérieur, notamment dans les écoles, mais aussi les transports publics, et tous les lieux clos recevant un nombre important de personnes. Cela passe par une meilleure aération, une filtration et une purification de l'air.

Non, la pandémie n'est malheureusement pas finie.

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