Santé / Sciences

BA.4, BA.5, BA.2.12.1... Les sous-variants d'Omicron vont-ils gâcher notre été?

Temps de lecture : 7 min

Si les sous-variants identifiés en Afrique du Sud et aux États-Unis gagnaient la France, ils pourraient rapidement y devenir majoritaires.

Mauvaise nouvelle: les trois sous-variants peuvent réinfecter une personne ayant déjà contracté Omicron. | Medakit Ltd via Unsplash
Mauvaise nouvelle: les trois sous-variants peuvent réinfecter une personne ayant déjà contracté Omicron. | Medakit Ltd via Unsplash

Si la France et la plupart des pays d'Europe connaissent actuellement, et c'est heureux, une très nette accalmie sur le front du Covid –largement à l'origine de la levée des dernières mesures sanitaires–, la pandémie n'est pas derrière nous, comme l'a rappelé, mercredi 25 mai, la nouvelle ministre française de la Santé, Brigitte Bourguignon. En effet, des sous-variants d'Omicron créent de nouvelles vagues de contaminations depuis plusieurs semaines en Afrique australe et aux États-Unis, et depuis peu au Portugal, constituant une menace certaine pour les prochains mois.

Devons-nous redouter de nouvelles vagues épidémiques sur le territoire hexagonal? Pouvons-nous espérer souffler un peu pendant l'été? Faisons le point, sans exagérer ni minimiser.

Nous avons trois sous-variants d'Omicron en puissance, BA.4, BA.5 et BA.2.12.1. Une première remarque concernant tous les trois: dès lors qu'il ne s'agit pas des variants existant précédemment et malgré des différences plus ou moins subtiles dans leur matériel génétique, ils ont suffisamment de mutations pour réinfecter des personnes ayant contracté Omicron dans ses formes circulant l'hiver dernier (BA.1 ou BA.2). Car l'infection aux précédentes souches n'apporte malheureusement pas de protection complète contre les nouvelles.

Cependant, leurs caractéristiques, qui restent de la même veine que celle des précédents variants du SARS-CoV-2 –et c'est la bonne nouvelle–, font que l'immunité à médiation cellulaire, conférée par la vaccination et éventuellement acquise par des infections antérieures, protège efficacement les personnes en bonne santé contre les formes graves. Reste que nous ne savons pas jusqu'à quel point cette immunité est protectrice contre le Covid long qui, s'il n'est pas mortel, peut avoir des conséquences très lourdes chez les personnes qu'il affecte.

Deux sous-variants sud-africains

Revenons à nos variants du moment. BA.4 a été identifié pour la première fois en Afrique du Sud, pays où l'on séquence beaucoup les virus détectés, début décembre 2021; BA.5 a été repéré quelques semaines plus tard sur le même territoire. Mais la vague épidémique qu'ils ont créée a commencé début avril 2022, après une fenêtre d'accalmie sud-africaine assez longue durant l'été austral, qui court de mi-janvier à mars.

Le pic de BA.4 et BA.5 a, là-bas, été atteint autour du 10 mai. S'il est difficile de comparer l'ampleur de cette vague épidémique avec celle des précédentes dans la mesure où, comme partout, l'Afrique du Sud testait moins ces derniers temps, il est vraisemblable que le nombre de contaminations ait été très proche de celui de la vague d'Omicron précédente, due aux sous-variants BA.1 et BA.2. En revanche, pour le moment, nous savons qu'il faut un bon mois de délai pour pouvoir faire le bilan définitif des hospitalisations et des décès, qui à ce jour, sont quatre à cinq fois inférieurs.

Bien que la campagne vaccinale ait été particulièrement efficace auprès des personnes âgées du pays, l'Afrique du Sud reste peu vaccinée (seuls 31,6% des habitants ont un schéma vaccinal complet). L'impact hospitalier bien contrôlé de cette nouvelle vague –ce fut déjà le cas avec celles dues à BA.1 et à BA.2– plaide donc en faveur de l'idée d'une bonne immunité à médiation cellulaire, évoquée plus haut, assurant à la population à risque une protection contre les formes les plus sévères. En outre, la population sud-africaine est plus jeune que celle d'Europe: l'âge médian y est de 28 ans contre 41 ans en France.

BA.5: plus contagieux, plus virulent?

Puis, BA.5 a fait son chemin. Et sans que l'on sache vraiment comment, il est arrivé en Europe en faisant escale au Portugal dès la fin du mois de mars, où il a entraîné une nette hausse des cas mi-avril. Aujourd'hui, il semble s'y déployer rapidement, avec un taux de reproduction effectif qui reste nettement au-dessus de 1: on constate une croissance exponentielle de la vague épidémique, une augmentation conséquente mais modérée des hospitalisations et, déjà, des décès. En moyenne, 30 personnes meurent chaque jour du Covid-19 au Portugal en ce moment. Rapporté à la population française, cela correspondrait à l'équivalent de 200 décès du Covid par jour.

Le Portugal n'ayant pas levé l'obligation du port du masque dans les transports, on ne peut pas dire que son gouvernement ait fait preuve de laxisme par rapport à ses voisins européens. Et les températures, déjà très clémentes sur le sol portugais ces dernières semaines, nous font dire que nous ne sommes pas à l'abri de nouvelles vagues épidémiques en Europe, même avec l'arrivée de la saison chaude. D'ailleurs, et sans que cela ne nous surprenne vraiment, les dernières études confirment que BA.5 serait plus contagieux que ces prédécesseurs. Mais, point de vigilance, il pourrait aussi se révéler plus virulent, avec un plus grand tropisme pulmonaire, que l'on ne retrouvait pas avec les sous-variants BA.1 et BA.2.

Venons-en à BA.2.12.1 qui, lui, a été identifié pour la première fois à New York fin janvier 2022. Il touche désormais tout le territoire des États-Unis, y compris l'île caribéenne de Puerto Rico, et représente aujourd'hui 58% du total des contaminations du pays. Est-il plus contagieux que BA.1 et BA.2? Plus virulent? Nous le suspectons, puisqu'il y supplante déjà BA.1 et BA.2. Toujours est-il que le nombre de décès quotidiens liés au Covid ne descend plus et stagne autour de 350 et que le pays enregistre près de 150.000 cas journaliers –un chiffre comme partout vraisemblablement sous-estimé, du fait d'une tendance mondiale à moins tester (Chine exceptée).

Selon toute vraisemblance, l'un de ces trois nouveaux sous-variants d'Omicron (voire plusieurs d'entre eux) pourrait gagner la France et également y devenir majoritaire dans les prochaines semaines ou les prochains mois. Même si les températures estivales devraient favoriser les interactions sociales à l'extérieur ainsi qu'une meilleure aération des locaux –et bien que ces évolutions soient difficiles à prédire–, nous pouvons déjà penser que nous ne sommes pas à l'abri d'une nouvelle vague épidémique. En outre, l'été devrait contribuer, comme en 2021 avec la vague Delta (le variant initialement identifié en Inde), à limiter un peu la propagation du coronavirus.

Et si nous affichions les taux de CO2 des espaces clos?

Conscientes de cette menace, les autorités doivent profiter de cette période actuelle d'accalmie en Europe pour améliorer la qualité de l'air intérieur et l'aération des espaces clos, travailler à une refonte de la veille sanitaire pour la rendre plus fiable, et œuvrer à la mise à disposition des traitements efficaces pour prévenir les formes graves et éviter les décès des personnes vulnérables, à condition qu'ils soient administrés le plus tôt possible au cours de leur infection.

Concernant la qualité de l'air intérieur, ne devrions-nous pas exiger des informations claires concernant l'ensemble des lieux clos recevant du public? Pourquoi ne pouvons-nous toujours pas connaître le taux de CO2 du compartiment de train ou de la cabine de l'avion dans lequel nous voyageons, du restaurant ou du bar où nous nous retrouvons, du cinéma ou de la salle de sport, afin de décider si nous allons nous y rendre un peu, beaucoup ou pas du tout?

Le temps de l'aveuglement face à
cette maladie doit vraiment prendre fin et des réponses plus claires doivent
être apportées.

En effet, en cette période un peu plus détendue sur le plan épidémique, nous voudrions chacun et chacune pouvoir évaluer les risques et prendre nos décisions en fonction de ces paramètres. Alors, selon les taux de CO2 et, bien sûr, le niveau des indicateurs épidémiques, nous voulons être responsables et ajuster nos pratiques, avec ou sans masque.

Nous avons également besoin de davantage d'études sur le Covid long et pas uniquement des enquêtes populationnelles. En effet, il est urgent de mieux connaitre ses mécanismes, les éventuels facteurs de risque et, s'ils existent, les moyens de les prévenir ainsi que les modalités de leur prise en charge.

Est-ce vraiment une maladie qui frappe au hasard, touchant y compris des personnes jeunes et en bonne santé, ou bien peut-on définir ses déterminants afin de cibler une éventuelle prévention? Combien de temps et à quel point la vie de ceux qui en sont atteints s'en retrouve dramatiquement affectée et dans quels aspects? Le temps de l'aveuglement face à cette maladie doit vraiment prendre fin et des réponses plus claires doivent être apportées.

Ne pas relâcher ses efforts

Alors que nous discutions de cet article, nous avons évoqué nos propres comportements face au stade actuel de la pandémie. Tous les deux, Antoine et Laure, dans nos villes et pays respectifs, continuons parfois à porter le masque dans les transports lorsque les bus, trams ou métros sont bondés, et le gardons durant l'intégralité de nos longs trajets, par exemple dans le Lyria entre Genève ou Lausanne et Paris, que nous prenons tous deux assez fréquemment.

Laure a repris un abonnement à la salle de sport où elle ne s'était pas rendue depuis mars 2020 et fera certainement une pause si d'aventure les indicateurs repartaient à la hausse. Pour elle, la préoccupation est double. D'une part, éviter une contamination, d'abord parce que, comme tous les indépendants, il lui est difficile d'être HS pendant une semaine; mais aussi parce qu'elle redoute, comme beaucoup, de contracter un Covid long susceptible de l'handicaper durablement. D'autre part, protéger les autres et notamment les personnes à risque, celles qu'elle pourrait croiser dans les transports, au cinéma ou lors de reportages par exemple, mais aussi, ses proches âgés et/ou immunodéprimés.

Antoine, lui, a repris ses cours à la faculté sans masque, mais en installant un capteur de CO2 au niveau du tableau et en recommandant d'ouvrir les fenêtres dès que la concentration dépasse 1.000 parties pour million (ppm) –soit 1.000 molécules du gaz à effet de serre par million de molécules d'air.

Bref, on ne s'installe certes pas tout à fait dans une vie «comme avant», mais notre quotidien s'est considérablement normalisé avec le déploiement des vaccins et la moindre virulence perçue des derniers variants. Tandis que la population bénéficie enfin, dans sa très grande majorité, d'une accalmie bienvenue, nous souhaitons que les pouvoirs publics ne relâchent pas leurs efforts, qu'ils mettent en œuvre des plans d'action certes moins spectaculaires, mais tout aussi essentiels à la lutte durable contre cette pandémie, ses variants et ses vagues, qui servira peut-être aussi aux autres pandémies qui pourraient s'inviter.

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