La triangulaire aura eu raison de François Bayrou: en rassemblant 30,17% des votes exprimés dans la deuxième circonscription des Pyrénées-Atlantiques, le président du Modem arrive devant le candidat UMP Eric Saubatte (27,04%) mais est battu par sa rivale socialiste Nathalie Chabanne (42,78%). Le centriste béarnais n'a pas réussi à rattraper son mauvais score au premier tour des législatives (26,63%), où il était déjà derripre la candidate PS (34,9%).
François Bayrou n'a pas tardé pas à reconnaître sa défaite dans son fief béarnais où il était élu depuis 1986:
«Le choix des électeurs va me forcer à prendre le recul qui s'impose. (...) La politique a besoin de valeurs, le peuple, de vérité, le pays, d'unité. Pour qui partage ces convictions, les adversaires sont nombreux.»
Pendant l'entre-deux-tours de la présidentielle, François Bayrou s'était prononcé pour François Hollande à titre personnel, mais le PS avait quand même décidé d'investir un candidat contre lui. Après les résultats du premier tour, le troisième homme de l'élection présidentielle de 2007 avait expliqué que «les électeurs de droite n'ont pas compris et accepté la décision qui a été la mienne de voter François Hollande au second tour. Ils n'ont pas été content de ce choix et l'ont manifesté dans ce scrutin. Les électeurs socialistes ont eux estimé que ce choix ne changeait rien et ont voté pour la candidate socialiste».