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Graines germées: la première crise de l'agriculture biologique

Champ en Allemagne près de Francfort Johannes Eisele / Reuters

Champ en Allemagne près de Francfort Johannes Eisele / Reuters

Ces aliments de plus en plus fréquemment consommés inquiètent aujourd’hui au plus haut degré les autorités sanitaires. Il s'agit de la première crise de ce type touchant l'agriculture biologique.

Vendredi 10 juin: fin du mystère. Après une traque de cinq semaines les enquêteurs allemands ont enfin trouvé le coupable. «O104: H4», l’Escherichia coli entérohémorragique (responsable de trente décès, d’une épidémie sans précédent et de conséquences économiques majeures) était nichée dans des lots de «graines germées» produites dans une exploitation de Basse-Saxe. Les responsables sanitaires ont aussitôt annoncé qu’ils levaient les alertes sur les concombres, les tomates et les salades, jusqu’ici tenus comme des suspects présumés.

L’exploitation productrice de graines germées avait dans un premier temps été mise hors de cause sur la base de premières analyses partielles. Mais ces derniers jours l’étau se resserrait, et ce sur la base de données épidémiologiques convergentes. Les enquêteurs avaient notamment établi que plus de quatre-vingt personnes infectées avaient consommés des graines germées produites par cette exploitation.

«Ce sont les graines germées qui sont en cause, a déclaré Reinhard Burger, directeur de l'Institut Robert Koch, lors d'une conférence de presse réunissant à Berlin les trois instituts sanitaires fédéraux impliqués dans le dossier. Les personnes qui ont mangé ces graines ont neuf fois plus de chances d'avoir des diarrhées sanglantes et d'autres signes d'infection par cette bactérie que ceux qui n'en ont pas mangées.»

Les multiples analyses effectuées dans les champs et dans les produits de l’exploitation «d'agriculture biologique» Gärtnerhof  de Bienenbüttel n'ont certes pu prouver la présence irréfutable de la bactérie, mais  selon les responsables sanitaires allemands «la chaîne d'indices est tellement importante» que l’on peut désormais être certain de l'origine de la contamination. Ces conclusions ne fournissent certes pas la réponse à toutes les questions soulevées.

Comment comprendre que des personnes aient pu être infectées (ou mourir de défaillances sanguines et rénales) sans avoir consommés de telles graines? Y a-t-il eu des contaminations croisées et, si oui, de quelle manière? Les graines germées ont-elles pu infecter d’autres aliments? Il est possible que les recherches en cours ne fournissent jamais de réponses concrètes.

Manque d'hygiène?

Reste la principale interrogation: comment cette bactérie pathogène (tenu pour pouvoir être présente dans le tube digestif des bovins) a-t-elle pu proliférer dans des graines destinées à l’alimentation humaine? Les responsables allemands évoquent pour l’heure deux hypothèses: l'entreprise a pu utiliser des semences qui étaient déjà infectées ou un employé de l'exploitation a pu infecter les lieux en raison d'un «manque d'hygiène». Une forme d’euphémisme pour évoquer la possibilité d’un contact entre des fèces bovines et des végétaux destinés à devenir des aliments.

Il faut, pour tenter de comprendre, replacer l’affaire allemande dans un contexte plus général: celui de l’appétence croissante pour les graines germées. Ces aliments sont depuis longtemps prisés en Allemagne mais ils le sont aussi de plus en plus dans les pays occidentaux où ils ne concernent plus que les seuls végétaliens ou végétariens.

Et leur consommation croissante est associée à l’apparition de toxi-infections alimentaires d’un nouveau genre. En 1996 au Japon une épidémie due à une souche bactérienne proche de la souche allemande (transmise par des graines de radis germées contaminées dans des repas scolaires) avait touché près de 10.000 personnes.

«Les graines germées sont, ces dernières années, devenues très populaires en raison de leur valeur nutritionnelle, observait-on ainsi il y a peu auprès de l’Organisation mondiale de la santé (OMS). Cependant, un certain nombre d’observations faisant état de flambées épidémiques associées à la consommation de ces légumes crus ont suscité la préoccupation des organismes de santé publique et des consommateurs

Les experts de l’OMS notaient que les enquêtes menées à l’occasion de ces flambées épidémiques avaient montré que les agents pathogènes trouvés dans les graines germées venaient «très probablement des graines elles-mêmes». «Les semences peuvent être contaminées dans les champs ou au cours de la récolte, de la conservation ou du transport, ajoutaient-ils. Pendant la germination, quand se forme la «plantule», un petit nombre d’agents pathogènes présents à la surface des graines peuvent se développer rapidement et devenir suffisamment nombreux pour provoquer une maladie. Des précautions particulières sont donc nécessaires

Pas que l'E. coli

L’affaire avait été jugée  suffisamment grave pour qu’une réglementation sanitaire particulièrement stricte soit établie dans le «Code d’usages en matière d’hygiène pour les fruits et les légumes frais» du Codex alimentarius, bible mondiale de la sécurité alimentaire; et plus précisément dans une annexe concernant les conditions devant être respectées pour la production des graines germées (document CAC/RCP/53-2003).

On y apprend qu’Escherichia coli n’est pas le seul germe pathogène en cause. Les recherches menées dans ce domaine ont démontré la présence possible, dans ces graines germées, de bactéries responsable chez l’homme, de salmonelloses, de listérioses ou de shigelloses. Les experts expliquent que plupart des graines fournies aux producteurs de graines germées sont produites pour les cultures fourragères et les pâturages et n’ont donc pas fait l’objet des bonnes pratiques agricoles permettant de prévenir la contamination microbienne des graines destinées à la germination, notamment à cause de la mauvaise utilisation d’engrais naturels ou d’eau d’irrigation contaminée.Ils ajoutent:

«Les graines peuvent ainsi avoir été contaminées au champ ou l’être durant leur récolte, leur entreposage ou leur transport. En général, les procédés de germination employés pour la production de germes exigent le maintien des graines dans un milieu chaud et humide pour une période de deux à dix jours. Dans de telles conditions, la concentration des contaminants, au départ peu élevée, peut rapidement atteindre des niveaux suffisants pour causer une intoxication alimentaire.

Les publications scientifiques proposent des traitements permettant d’atteindre divers niveaux de réduction du nombre des micro-organismes pathogènes dans les graines. Cependant, il n’existe actuellement aucun procédé qui garantisse que les graines seront exemptes de pathogènes. Des recherches sont en cours pour trouver des traitements de désinfection assurant une réduction suffisante du nombre des micro-organismes pathogènes présents dans les graines

Réglementation drastique

Dans l’attente de ces «traitements de désinfection» la réglementation à respecter pour produire de telles graines germées destinées à la consommation humaine est particulièrement drastique. Elle impose notamment de ne pas laisserles animaux pâturer dans le champ où sont cultivées les graines (en recourant par exemple à des moutons  pour rabattre la luzerne au printemps).

Elle impose aussi de n’avoir recours à du fumier ou à d’autres «engrais naturels» que «s’ils ont subi des traitements assurant un degré élevé de réduction des pathogènes». En pratique les producteurs de graines ne doivent utiliser que des produits chimiques (pesticides et desséchants, par exemple) qui conviennent aux graines destinées à la production de germes destinés à la consommation humaine. La réglementation concerne également les modalités de culture et de récolte, la manutention, l’entreposage et le transport.On peut encore lire dans ce document:

«Les producteurs et distributeurs de graines ainsi que les producteurs de germes devraient vérifier la présence de micro-organismes pathogènes en employant les méthodes d’analyse acceptées à l’échelle internationale. Si des lots de graines se révèlent contaminés, ils ne doivent pas être vendus ou utilisés pour la production de germes destinés à la consommation humaine.  Les producteurs de graines à germer destinées à la consommation humaine doivent veiller à ce que les registres et les procédures de rappel soient en place, afin de pouvoir réagir efficacement aux situations posant des dangers pour la santé. Les procédures doivent permettre le rappel complet et rapide de toute graine suspecte.»

Où se situent les failles dans la production de l’exploitation Gärtnerhof  de Bienenbüttel? Quelles seront les conséquences des conclusions des autorités sanitaires allemandes sur la perception et la consommation des «graines germées» symbole vivant d’une alimentation la plus «naturelle» qui soit? Il semble bien, pour l’heure, que nous soyons confrontés à la première crise sanitaire de taille issue de cette nouvelle forme d’agriculture qualifiée, faute de mieux, de «biologique». 

Jean-Yves Nau

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