Graines germées: la première crise de l'agriculture biologique
Ces aliments de plus en plus fréquemment consommés inquiètent aujourd’hui au plus haut degré les autorités sanitaires. Il s'agit de la première crise de ce type touchant l'agriculture biologique.
- Champ en Allemagne près de Francfort Johannes Eisele / Reuters -
Vendredi 10 juin: fin du mystère. Après une traque de cinq semaines les enquêteurs allemands ont enfin trouvé le coupable. «O104: H4», l’Escherichia coli entérohémorragique (responsable de trente décès, d’une épidémie sans précédent et de conséquences économiques majeures) était nichée dans des lots de «graines germées» produites dans une exploitation de Basse-Saxe. Les responsables sanitaires ont aussitôt annoncé qu’ils levaient les alertes sur les concombres, les tomates et les salades, jusqu’ici tenus comme des suspects présumés.
L’exploitation productrice de graines germées avait dans un premier temps été mise hors de cause sur la base de premières analyses partielles. Mais ces derniers jours l’étau se resserrait, et ce sur la base de données épidémiologiques convergentes. Les enquêteurs avaient notamment établi que plus de quatre-vingt personnes infectées avaient consommés des graines germées produites par cette exploitation.
«Ce sont les graines germées qui sont en cause, a déclaré Reinhard Burger, directeur de l'Institut Robert Koch, lors d'une conférence de presse réunissant à Berlin les trois instituts sanitaires fédéraux impliqués dans le dossier. Les personnes qui ont mangé ces graines ont neuf fois plus de chances d'avoir des diarrhées sanglantes et d'autres signes d'infection par cette bactérie que ceux qui n'en ont pas mangées.»
Les multiples analyses effectuées dans les champs et dans les produits de l’exploitation «d'agriculture biologique» Gärtnerhof de Bienenbüttel n'ont certes pu prouver la présence irréfutable de la bactérie, mais selon les responsables sanitaires allemands «la chaîne d'indices est tellement importante» que l’on peut désormais être certain de l'origine de la contamination. Ces conclusions ne fournissent certes pas la réponse à toutes les questions soulevées.
Comment comprendre que des personnes aient pu être infectées (ou mourir de défaillances sanguines et rénales) sans avoir consommés de telles graines? Y a-t-il eu des contaminations croisées et, si oui, de quelle manière? Les graines germées ont-elles pu infecter d’autres aliments? Il est possible que les recherches en cours ne fournissent jamais de réponses concrètes.
Manque d'hygiène?
Reste la principale interrogation: comment cette bactérie pathogène (tenu pour pouvoir être présente dans le tube digestif des bovins) a-t-elle pu proliférer dans des graines destinées à l’alimentation humaine? Les responsables allemands évoquent pour l’heure deux hypothèses: l'entreprise a pu utiliser des semences qui étaient déjà infectées ou un employé de l'exploitation a pu infecter les lieux en raison d'un «manque d'hygiène». Une forme d’euphémisme pour évoquer la possibilité d’un contact entre des fèces bovines et des végétaux destinés à devenir des aliments.
Il faut, pour tenter de comprendre, replacer l’affaire allemande dans un contexte plus général: celui de l’appétence croissante pour les graines germées. Ces aliments sont depuis longtemps prisés en Allemagne mais ils le sont aussi de plus en plus dans les pays occidentaux où ils ne concernent plus que les seuls végétaliens ou végétariens.
Et leur consommation croissante est associée à l’apparition de toxi-infections alimentaires d’un nouveau genre. En 1996 au Japon une épidémie due à une souche bactérienne proche de la souche allemande (transmise par des graines de radis germées contaminées dans des repas scolaires) avait touché près de 10.000 personnes.
«Les graines germées sont, ces dernières années, devenues très populaires en raison de leur valeur nutritionnelle, observait-on ainsi il y a peu auprès de l’Organisation mondiale de la santé (OMS). Cependant, un certain nombre d’observations faisant état de flambées épidémiques associées à la consommation de ces légumes crus ont suscité la préoccupation des organismes de santé publique et des consommateurs.»
Les experts de l’OMS notaient que les enquêtes menées à l’occasion de ces flambées épidémiques avaient montré que les agents pathogènes trouvés dans les graines germées venaient «très probablement des graines elles-mêmes». «Les semences peuvent être contaminées dans les champs ou au cours de la récolte, de la conservation ou du transport, ajoutaient-ils. Pendant la germination, quand se forme la «plantule», un petit nombre d’agents pathogènes présents à la surface des graines peuvent se développer rapidement et devenir suffisamment nombreux pour provoquer une maladie. Des précautions particulières sont donc nécessaires.»
Pas que l'E. coli
L’affaire avait été jugée suffisamment grave pour qu’une réglementation sanitaire particulièrement stricte soit établie dans le «Code d’usages en matière d’hygiène pour les fruits et les légumes frais» du Codex alimentarius, bible mondiale de la sécurité alimentaire; et plus précisément dans une annexe concernant les conditions devant être respectées pour la production des graines germées (document CAC/RCP/53-2003).
On y apprend qu’Escherichia coli n’est pas le seul germe pathogène en cause. Les recherches menées dans ce domaine ont démontré la présence possible, dans ces graines germées, de bactéries responsable chez l’homme, de salmonelloses, de listérioses ou de shigelloses. Les experts expliquent que plupart des graines fournies aux producteurs de graines germées sont produites pour les cultures fourragères et les pâturages et n’ont donc pas fait l’objet des bonnes pratiques agricoles permettant de prévenir la contamination microbienne des graines destinées à la germination, notamment à cause de la mauvaise utilisation d’engrais naturels ou d’eau d’irrigation contaminée.Ils ajoutent:
«Les graines peuvent ainsi avoir été contaminées au champ ou l’être durant leur récolte, leur entreposage ou leur transport. En général, les procédés de germination employés pour la production de germes exigent le maintien des graines dans un milieu chaud et humide pour une période de deux à dix jours. Dans de telles conditions, la concentration des contaminants, au départ peu élevée, peut rapidement atteindre des niveaux suffisants pour causer une intoxication alimentaire.
Les publications scientifiques proposent des traitements permettant d’atteindre divers niveaux de réduction du nombre des micro-organismes pathogènes dans les graines. Cependant, il n’existe actuellement aucun procédé qui garantisse que les graines seront exemptes de pathogènes. Des recherches sont en cours pour trouver des traitements de désinfection assurant une réduction suffisante du nombre des micro-organismes pathogènes présents dans les graines.»
Réglementation drastique
Dans l’attente de ces «traitements de désinfection» la réglementation à respecter pour produire de telles graines germées destinées à la consommation humaine est particulièrement drastique. Elle impose notamment de ne pas laisserles animaux pâturer dans le champ où sont cultivées les graines (en recourant par exemple à des moutons pour rabattre la luzerne au printemps).
Elle impose aussi de n’avoir recours à du fumier ou à d’autres «engrais naturels» que «s’ils ont subi des traitements assurant un degré élevé de réduction des pathogènes». En pratique les producteurs de graines ne doivent utiliser que des produits chimiques (pesticides et desséchants, par exemple) qui conviennent aux graines destinées à la production de germes destinés à la consommation humaine. La réglementation concerne également les modalités de culture et de récolte, la manutention, l’entreposage et le transport.On peut encore lire dans ce document:
«Les producteurs et distributeurs de graines ainsi que les producteurs de germes devraient vérifier la présence de micro-organismes pathogènes en employant les méthodes d’analyse acceptées à l’échelle internationale. Si des lots de graines se révèlent contaminés, ils ne doivent pas être vendus ou utilisés pour la production de germes destinés à la consommation humaine. Les producteurs de graines à germer destinées à la consommation humaine doivent veiller à ce que les registres et les procédures de rappel soient en place, afin de pouvoir réagir efficacement aux situations posant des dangers pour la santé. Les procédures doivent permettre le rappel complet et rapide de toute graine suspecte.»
Où se situent les failles dans la production de l’exploitation Gärtnerhof de Bienenbüttel? Quelles seront les conséquences des conclusions des autorités sanitaires allemandes sur la perception et la consommation des «graines germées» symbole vivant d’une alimentation la plus «naturelle» qui soit? Il semble bien, pour l’heure, que nous soyons confrontés à la première crise sanitaire de taille issue de cette nouvelle forme d’agriculture qualifiée, faute de mieux, de «biologique».
Jean-Yves Nau
Mis à jour le 10/06/2011 à 16h49
















































L'union Européenne a créé sa propre version des "Centers for Disease Control" et a choisi Stockholm pour être l'équivalent d'Atlanta. (Je ne sais pas si les budgets sont comparables...) Leur site, en anglais : http://www.ecdc.europa.eu On y trouve des informations intéressantes et quelques documents pdf à télécharger.
Il semble finalement que ce soit une enquête sur les cas d'un restaurant (très probablement celui de Lubeck, que l'on a vu la télé) qui leur a apporté ce qu'ils considèrent comme la clef de l'énigme.
Ils ont interrogé les convives, demandé à voir les factures et même les photos prises pendant le repas. Cela remonte déjà à quelques jours, mais il faut tenir compte que ceux qui étaient malades n'ont pas été en état de parler pendant quelque temps.(et il y a eu un décès)
Une phrase m'a surpris en première lecture : "ceux qui avaient mangé des pousses germées avaient 9 fois plus de chances d'être malades", mais cela peut simplement vouloir dire que parmi ceux qui en ont mangé, un certain nombre se sont révélés plus "résistants", et n'ont pas développé de symptômes.
Ce qui m'a comblé d'aise dans le document trouvé sur ECDC, c'est "This study also revealed that 100% of those who contracted the illness had eaten sprouts." "100 % des malades avaient mangé des pousses"... Quitte à me répéter : dans ce cas particulier, il suffisait de poser la bonne question, pour obtenir la réponse...Quant au chiffre neuf, signifie-t-il que seul un neuvième des convives avait choisi cet "aliment diabolique" ?
Personnellement, j'adore ces "pousses de soja", pas tellement pour leur goût, ni pour leur teneur en protéines, mais pour l'amusement de les faire croquer sous la dent...
Comme le dit Jean-Yves Nau, il sera intéressant de voir ce qu'on va nous apprendre sur les "contaminations croisées", mais il semblerait que les mères qui s'étaient préparé leur petite "salade exotique" à la maison n'ont contaminé que la minorité des enfants qui ont accepté cet aliment bizarre, avec toujours une majorité de filles...
J'ai attentivement lu votre article mais je ne partage pas du tout les conclusions qui concluraient à de futures crises alimentaires liées au bio. Voici ce que nous savons aujourd'hui : 1 - La bactérie e.coli est présente naturellement dans l'intestin des bovins et ovins dont les déjections servent notamment à fabriquer de l'engrais. 2 - L'exploitation incriminée importait ses graines de Chine dont on connait le laxisme pour les contrôles sanitaires sur la nourriture. 3 - L'exploitation utilisait du compost biologique qui n'a pas encore été analysé pour déterminer si il était suffisamment transformé ou si il a été épandu de manière précoce. Cependant c'était valable pour les légumes cela ne l'est plus avec les graines qui sont cultivées hors sol et sans compost. Donc le compost peut-être écarté 4 - Les habitudes européennes sont très laxistes sur le nettoyage des aliments avant leur consommation à savoir nettoyer au permanganate de potassium ou laisser tremper dans de l'eau fortement vinaigrée pendant au moins 10 min puis rincer à l'aide d'une brosse à légume. 5 - Enfin ces graines germées sont cultivées dans des conditions très proches de la température humaine et avec une humidité ambiante qu'aiment particulièrement les bactéries. 6 - La méthode de culture favorisant la prolifération de bactéries, des mesures de précautions concernant la cuisson (qui devrait-être obligatoire) et le lavage devrait être systématiquement étiquetées sur le produit à l'intention du consommateur.
Au vu de ces seuls éléments les lacunes de l'entreprise se situent sur les points précédents qui peuvent être améliorés de la manière suivante :
1 - Analyse systématique d'échantillons aléatoires à la réception des graines et maintien des cahiers des charges très contraignants pour les fournisseurs.
2 - Analyse systématique tous les trimestres du compost utilisé pour la fertilisation des terres. Mais en l’occurrence la germination de ces graines se fait justement sans compost donc on peut écarter cette cause au problème.
3 - Émettre des restrictions de consommations pour ces graines qui devraient-être nettoyées d'un manière particulièrement soutenue et obligatoirement cuit.
4 - Analyse systématique d'échantillons aléatoires avant la mise en vente mais également des surfaces du lieu de production après germination.
5 - Stérilisation des installations après chaque germination.
Je pense qu'il s'agit plus d'un problème de santé et d'hygiène publique, bien plus qu'un problème lié à la pratique de l'agriculture biologique. Il est par exemple prouvé que l'agriculture traditionnelle comporte également des règle tacites de nettoyage et d'épluchage afin d'éviter d'ingérer trop de pesticides et ainsi d'avoir un cancer par interaction de diverses molécules dans notre corps.
Tout est une question de précaution et d'hygiène mais aussi et surtout de contrôle réguliers et sérieux. Hors tout cela a été négligé par les autorités, les centrales d'achat, les lieux de ventes mais aussi et surtout par l'entreprise qui a été fermée.
Votre titre est donc inapproprié à mon sens car il ne s'agit pas d'une crise de l'agriculture biologique mais une crise d'hygiène publique il y a une nuance très claire à mon sens car les différents acteurs publiques et privés ont été laxistes par sens de l'économie et d'efficacité financière disons le tout net. Car des contrôles en moins c'est de l'argent dépensé en moins.
La sécurité alimentaire coute de l'argent mais elle est indispensable et nécessaire et il va falloir s'y habituer surtout dans un cadre aussi dérégulé que la mondialisation et avec des acteurs aussi scrupuleux que la Chine dont on connait les frasques liés aux scandales sanitaires de l'eau et de la nourriture.
2 - Forcément c'est la faute des chinois
3 - Les graines sont germés hors sol, mais pas les portes graines. Il est vraisemblable que les plantes mères est reçu du fumier mal composté. Et pas forcément par erreur, le compostage réduit la charge en azote, l'azote chimique étant interdite en bio, il est tentant de mettre du fumier plus frais.
4 - On doit pouvoir manger des aliments crus sans les trempés dans du désinfectant. Et puis je doute de l'efficacité de l'efficacité du vinaigre, tant qu'au permanganate sa belle couleur violette est peu ragoutante, et sans doute non biologique.
5 - Oui et alors? si les graines arrivent propre, aucune bactérie pathogène ne va apparaitre spontanément.
6 - Oui et on se demande bien pourquoi ça n'a pas été fait plus tôt.
Pour le reste, les analyses coûtes horriblement cher, rincer les graines avec une solution désinfectante serai un bon début, une petite pasteurisation permettrais de finir le travail. Plus généralement il va falloir mettre le nez dans certaines pratiques de l'agriculture bio pour éviter ce genre de crise. Cette crise n'est qu'un prélude à ce qui nous attends.
Enfin pas moi, personne ne me fera plus manger du bio.
1 - Je ne vois pas le rapport entre le fait que les matières fécales soient naturelles et notre problème présent ... .
2 - Concernant les chinois permettez moi de douter très fortement de leur crédibilité en matière de sécurité sanitaire et alimentaire. Entre les pastèques explosives, le lait à la mélanine, le porc fluorescent, les petits pains aux colorants toxique et j'en passe des meilleurs leur crédibilité est largement sujet à caution. D'autre part il a été prouvé par maints rapports d'organismes chinois et par la FAO que les terres agricoles chinoises étaient parmi les plus polluées de la planète.
3 - D'accord avec vous mais ces plantes ont été cultivées EN CHINE !!!!! On revient sur le problème du fournisseur chinois qui ne sera pas inquiété dans toute cette histoire. Donc les normes chinoises en terme de compostage et de sécurité alimentaire et agricoles sont sans certainement à revoir.
4 - Il y en a qui ont essayés ... . Trêve de plaisanteries on ne peut manger aucun aliment cru sans le laver soigneusement nous n'avons pas l'organisme de nos grands parents qui étaient bien plus solides que nous. De plus le permanganate n'est peut-être pas ragoutant mais évite bien des infections en Asie comme en Afrique. On a perdu cette habitude depuis 20 ans en France et depuis les gastro-entérites explosent ... . L'efficacité du vinaigre a été prouvé depuis presque un millénaire pour la désinfection des aliments mais il ne faut pas mettre trois gouttes il faut y aller franchement. C'est délaisser par les gens car cela fausse le gout des aliments. Sinon il reste la javelle mais son ingestion sur le long terme est hautement cancérigène donc ... .
5 - Ces graines ne se mangent pas crues ... . C'est une habitude européenne stupide. Les asiatiques mangent ces graines cuites. J'ai l'impression qu'une certaine décadence s'installe chez nous et nous en oublions les règles de bon sens croyants être immortels. Les crudités doivent être maniées avec une extrême précaution en toute circonstance.
6 - Pas besoin de se poser de question c'est l'argument économique qui l'a emporté jusqu'à cette crise.
Si vous le saviez pas l'agriculture industrielle minéralise la terre et épuise le sol. Tous les gouvernants sont d'accord aujourd'hui pour dire qu'après 50 ans d’agriculture intensive c'est un échec car 2.5 Milliard de personne ne mangent pas à leur faim. De plus le bilan écologique des terres agricoles ayant reçu tous ces produits chimiques est désastreux et tout le corps médical reconnait à demi mot qu'il est en grande partie la cause de nos épidémies de cancers.
Ce n'est pas pour rien que l'assolement est de nouveau pratiquée ainsi que la jachère partout en Europe. Ce n'est pas non plus un hasard si le bio explose car la qualité gustative et dans une moindre mesure nutritive est meilleure. Certes il peut y avoir des ajustements sanitaires mais cela sera toujours mieux que de rendre stériles nos terres agricoles dans les 15 ans à venir.
L'érosion de la biodiversité des sols à dépassé les 90% dans plus de 70% des terres agricoles françaises. ça veut dire quoi ? Tout simplement que la micro-biologie des sols donc l'humus disparait au profit d'une minéralisation galopante donc transformation en désert.
Donc le Bio vous serez bien obligés d'en manger dans les 10 ans à venir sachant que l'agriculture industrielle va s'adapter au biologique afin de tirer le meilleur parti des deux solutions.
Strasbourg, le2 juillet 2011,
Nous sommes en Europe, nous devons aussi parler du drame qui se passe chez nos voisins et amis Allemands !
S’agissant des 45 morts en Allemagne par E-Coli, nouvelle souche O104 H4, on peut s’interroger sur le cheminement relativement long des enquêteurs à découvrir l’origine de la contamination…En l’occurrence, l’entreprise Gärtnerhof de Bienenbüttel en Basse Saxe, produisant des graines germées de soja, de haricots, de tournesol… sous label Agriculture Biologique de type Global Gap délivré par des organismes tel que le TÜV ou AB Cert. en Allemagne, mais aussi EcoCert, Agrocert…, ils sont quand même six intervenants en France sur un marché en plein développement…
Mon propos ici n’est pas de jeter l’anathème sur l’Agriculture Biologique, mais remarquons qu’on avait en première analyse d’abord soupçonné l’agriculture intensive (la filière du concombre espagnol)…Comme si l’AB était réputée être au dessus de tout soupçon…
Et l’on mesure avec cet exemple les limites d’efficacité des certifications AB, pourtant contraignantes pour les entreprises, imposant des exigences de traçabilité, des procédures complexes de sécurité sanitaire…Et ce n’est pas bon marché !
Alors s’agit il d’un manquement, d’un couac des certificateurs ou encore de la problématique du cloisonnement des responsabilités ?
Les certificateurs AB, focalisés, surveillant de très près la présence des OGM, des engrais chimiques, des pesticides qui sont exclus du champ de ces cultures AB, ces derniers étant entre autres responsables de la montée des myélomes humains…
Mais alors, avec une AB sans faiblesse, il faut quand même s’attendre à voir proliférer des bactéries et des champignons dans ces cultures là, c’est le corollaire et le bon sens …
Et je pose la question : existe-t-il au sein de ces organismes certificateurs des biologistes et même des chercheurs exerçant une veille sanitaire dynamique à l’égard des micro-organismes se développant dans ces cultures AB ?
Apparemment NON chez nos amis allemands et l’état allemand, dans l’urgence, a décidé de fermer l’entreprise Gärtnerhof, mais sans, pour l’instant, remettre en cause les certifications Agriculture Biologique appliquées à ces cultures ce qui me paraît partisan et pas gentil du tout pour les consommateurs de produits Bio …
Mais, la problématique rencontrée pourrait aller encore beaucoup plus loin, puisque maintenant elle se diffuse aussi en France avec un développement différent, considérant l’opération de germination, qui est réalisée par le consommateur, ce qui laisse supposer que la bactérie O 104 H4 se trouve dans la graine…. Il faut donc enquêter en amont sur la production de ces graines savoir où elles ont été achetées, où elles ont été cultivées pour mettre la main sur la ou les semences ! Et s’il y a eu tricherie sur la qualification Bio des graines produites, on pourrait redouter au pire qu’elles soient issues de culture d’ Organismes Génétiquement Modifiés , considérant la carte mondiale des pays qui pratiquent les cultures OGM pour l’auto protection des plantes à l’égard des micro-organismes et autres ravageurs évoqués ci-dessus… Dans cette affirmative permettre ainsi de montrer que la contamination pourrait provenir au niveau même de la modification génétique de la plante puisque les laboratoires utilisent Escherichia coli, cette bactérie très commune de l’être humain, comme ciseaux biologique pour l’introduction des nouvelles caractéristiques dans le génome et qu’une réplication pathogène de E-Coli vers O104 H4 se soit faite in vitro suite à une erreur de protocole sur un lot de graines, ou encore, pour une raison scientifiquement inconnue à ce jour…
Mais cette enquête, sur la provenance des graines, patine, c’est l’Arlésienne ! La presse européenne a évoqué la piste italienne, égyptienne… Cependant si on prend quelques minutes pour consulter la réglementation européenne en matière d’Agriculture Biologique, il n'y a pas à tergiverser... L'entreprise Gärtnerhof doit prouver sur le champ qu'elle dispose de documents avalisés par le certificateur Allemand prouvant l'origine Bio des graines et c'est même plus contraignant encore s'agissant d'un pays non Européen car le cultivateur Egyptien doit prouver que les graines vendues proviennent d'une culture biologique et déclarer la provenance de la semence elle même produite sans pesticides, sans fumure chimique et surtout pas de souches OGM, avec une certification reconnue en Europe à l’appui... Tous ces documents qui sont attachés à la transaction doivent être aisément consultables chez le certificateur AB allemand...Et les copies doivent aussi se trouver dans les dossiers de l'entreprise Gärtnerhof... Hors il me semble quand même qu'on prend beaucoup, beaucoup de temps pour réaliser cette simple consultation pour aboutir à dévoiler l'identité du producteur des graines, et permettre de commencer le travail scientifique ! Dans cette affaire, cherche t'on à protéger un éventuel tricheur en tentant, sans devoir, d'enfumer avec mépris les consommateurs d'Agriculture Biologique?
Jean-Louis Chevallier