France

E. coli dans les steaks hachés: comment remonte-on la piste d'une bactérie?

Grégoire Fleurot, mis à jour le 16.06.2011 à 11 h 41

Une fois une épidémie déclarée, les autorités sanitaires se livrent à une véritable enquête pour découvrir l’origine de l’infection.

Une spécialiste essaie d'isoler E. coli à Riga le 9 juin 2011, REUTERS/Ints Kalnins

Une spécialiste essaie d'isoler E. coli à Riga le 9 juin 2011, REUTERS/Ints Kalnins

Six enfants ont été hospitalisés à Lille mercredi 15 juin, contaminés par la bactérie de type Escherichia Coli contenue dans des steaks hachés d’origine allemande et vendus dans le Nord-Pas-de-Calais. La bactérie E.coli impliquée n'aurait cependant rien à voir avec celle mise en cause dans les graines germées allemandes, qui a fait à ce jour 36 morts outre-Rhin. Cet article revient sur le processus qui permet de retracer l’origine des épidémies alimentaires comme celles que connaît l’Europe depuis plusieurs semaines.

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«Les indices s'accumulent [faisant penser] que des graines germées d'une exploitation de Basse-Saxe pourraient être infectées», a déclaré vendredi 10 juin la ministre allemande de l’Agriculture. Un responsable de l’Institut fédéral de veille parle d’une «piste absolument brûlante» menant à une exploitation du Nord de l’Allemagne qui serait à l’origine de l’épidémie d’E. coli. Le vocabulaire est digne d’une série policière, et pour cause. Pour retrouver l’origine d’une telle épidémie, des centaines de spécialistes de la santé, chercheurs, scientifiques ou encore spécialistes de l’agriculture sont mobilisés pour mener une véritable enquête, parfois internationale.

Validation du signalement

En France, tout commence par le signalement d’un ou plusieurs cas suspects. En général via les systèmes de surveillance déjà en place ou les appels de professionnels de la santé à l’Institut de veille sanitaire (InVS). «Il faut ensuite vérifier si l’alerte correspond bien à une épidémie» ou une simple indigestion, explique Lisa King, épidémiologiste à l’Institut de veille sanitaire (InVS). Chaque information et chaque appel fait donc l’objet d’une validation par les experts de l’InVS.

Si l’alerte vient d’un système de surveillance, les scientifiques vont comparer chaque nouveau cas avec les données disponibles. Ainsi, pour le Syndrome hémolytique et urémique (SHU) provoqué notamment par l’infection de la bactérie E. coli, l’InVS dispose de données de surveillance du syndrome remontant sur plusieurs années. Si c’est un ou des médecins généralistes qui ont donné l’alerte, les experts de l’InVS vont les appeler pour vérifier les détails du cas.

L’investigation épidémiologique

Si ces vérifications sont concluantes, le signalement est validé, et l’on peut passer à la phase d’investigation épidémiologique, qui consiste à tenter d’identifier l’aliment responsable de l’épidémie. Cela passe d’abord par l’identification des personnes malades, en contactant directement les laboratoires d’analyse ou en passant par les Centres nationaux de référence, qui centralisent les échantillons et l’expertise pour une quarantaine de maladies. Il existe ainsi un centre national de référence dédié à l’Escherichia coli et aux shigelles.

Vous souvenez-vous de tout ce que vous avez mangé au cours des deux dernière semaines? Il y a peu de chances. C’est pourtant ce que doivent essayer de savoir les experts une fois qu’ils ont identifié les malades, et c’est une des parties les plus délicates du processus, insiste Lisa King:

«Selon le délai d’incubation de la maladie, il faut remonter plus ou moins loin dans l’historique alimentaire des personnes. Pour la salmonellose, dont le délai d’incubation est d’environ trois jours, la tâche est plutôt aisée. Pour aider les personnes infectées à se souvenir de leurs repas, les questions sont le plus précises possibles.»

Selon l'OMS, le délai d'incubation de l'E. coli est de 3 à 8 jours. L’InVS a des questionnaires prêts à l’emploi qui peuvent faire jusqu’à une vingtaine de pages pour les infections les plus courantes, avec des questions sur les aliments qui ont déjà été associés à la maladie au cours d’épidémies passées (le questionnaire du SHU est ici, en pdf). Au lieu de demander «qu’avez-vous mangé au cours des derniers jours», les questions font donc le tour de tous les aliments potentiellement impliqués.

Habitudes alimentaires

Quand les experts de l’InVS appellent les personnes infectées pour récolter des informations sur leur consommation récente, ils s’efforcent de faciliter la mémoire des malades. Ils utilisent par exemple les jours fériés, les weekends ou les éventuels voyages pour faire remonter des souvenirs de repas. Lisa King explique:

«Pour les maladies comme la listériose, dont le délai d’incubation est de deux mois, les questions porteront sur les habitudes alimentaires des personnes, qui sont en général assez répétitives, plutôt que sur des repas en particulier. Certains aliments sont plus difficiles à tracer que d’autres. Quand on vous demande si vous avez mangé un steak haché récemment et quelle était sa marque ou le lieu d’achat, la réponse est relativement facile. Mais quand il s’agit d’un légume, qui s’achète en vrac sur le marché, qui n’a souvent pas d’emballage, et qui se consomme dans des salades ou des plats composés, la tâche est bien plus difficile. La traçabilité du légume est bien moins grande que celle du steak haché ou du produit laitier.»

Pourcentages et probabilités

A partir des informations récoltées auprès des malades, les autorités sanitaires établissent des statistiques. Prenons un exemple: 50% des personnes infectées ont mangé un steak haché au cours de la période d’incubation. Ce chiffre en lui-même ne permet pas de savoir à coup sûr si le steak haché est responsable de l’épidémie, c’est pourquoi on fait appel à un groupe témoin de personnes saines que l’on soumet au même questionnaire. Lisa King explique comment interpréter les calculs:

«Si 50% des personnes du groupe témoin ont également mangé du steak haché sur la même période, le pourcentage n’est pas très concluant. En revanche, si seulement 5% des personnes du groupe test ont mangé du steak haché, la statistique devient significative. Il est ainsi plus facile de repérer l’aliment responsable d’une épidémie si celui n’est pas consommé de manière courante par la population.»

En 1992, lors d’une épidémie de listériose qui avait causé 63 décès et 22 avortements en France, les enquêteurs de la direction générale de la Santé avaient trouvé que 46,5% des malades avaient consommé de la langue de porc en gelée, contre seulement 8,4% à l’intérieur du groupe test, un décalage suffisant pour ne laisser aucun doute sur l’origine de l’épidémie.

Passage de relais

Lorsque l’InVS a assez d’éléments pour penser qu’une hypothèse mérite d’être creusée, elle transmet les informations sur l’aliment suspecté tels que sa marque, le magasin où il a pu être acheté, son conditionnement ou encore le nombre de malades au ministère de l’Agriculture, qui va lancer l’investigation de traçabilité pour remonter jusqu’au producteur du produit, ou au transformateur.

Les autorités doivent également à ce stade choisir le meilleur moment pour médiatiser l’épidémie. Lancer l’alerte trop tôt, comme cela a été le cas avec le concombre espagnol, peut avoir de graves catastrophes économiques en cas de mauvais diagnostic. Mais plus le gouvernement alerte la population tôt, plus il a de chances de prévenir de nouvelles infections. 

Dans certains cas, comme pour le décès d’un adolescent après avoir mangé un repas chez Quick en janvier dernier, l’origine de la bactérie n’est pas un aliment mais plutôt le manque d’hygiène ou les mauvaises conditions d’emballage et de stockage des denrées. Il n’y a alors pas besoin de remonter plus haut que le restaurant en question.

Pour l’épidémie allemande, le coupable a finalement été arrêté. Mais malgré tous les efforts des autorités, il arrive qu’on ne retrouve pas l’origine d’une épidémie avant qu’elle ne disparaisse d’elle-même. Il devient alors encore plus difficile d’en retrouver la source. Certaines épidémies passent même inaperçues, notamment parce que les personnes touchées ne sont pas allées voir leur médecin.

Grégoire Fleurot

Grégoire Fleurot
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Journaliste
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