Sida: un nouveau virus est passé du gorille à l'homme

Quelle est l'origine exacte du virus du sida apparu il y aura bientôt trente ans dans la communauté homosexuelle masculine américaine? Au fil des années le puzzle se complète; à moins qu'il ne se complique. Pour l'heure  une équipe de chercheurs  français vient d'annoncer sur le site de Nature Medicine avoir identifié un premier cas humain d'infection par un nouveau virus génétiquement très proche du virus du sida et présent chez des gorilles.
En référence au virus de l''immunodéficience humaine (ou VIH) on parle, pour les singes, de virus d'immunodéficience simien (ou SIV). Celui concernant le gorille avait été découvert en 2006 et on l'avait alors baptisé SIVgor. L'identification de sa présence chez l'homme ouvre de nouvelles perspectives dans les possibilités de transmission de ce type de virus entre les espèces animales et humaine. Tout d'abord, pour comprendre, un peu de pédagogie virologique et simienne. Il est aujourd'hui bien établi qu'il existe deux types de virus du sida, le VIH-1 (responsable de l'essentiel de la pandémie) et le VIH-2, beaucoup plus rare. On a aussi, sur la base de différences de structures génétiques que le  VIH-1 est divisé en trois groupes. Il y a tout d'abord le M, très largement majoritaire, au sein duquel on distingue 9 sous-types (A, B, C, D, F, G, H, J, K), génétiquement proches mais néanmoins distincts. Les deux autres groupes, très rares, sont les virus des groupes  O et N. On estime ainsi par exemple que le groupe O est responsable d'environ 1% des  infections à VIH au Cameroun et une centaine de cas en France. Les auteurs de la publication de Nature Medicine expliquent donc avoir découvert chez une femme d'origine camerounaise vivant en France un virus d'un nouveau genre proche de SIVgor et proposent, fort logiquement, de parler à son endroit, d'un VIH-1 de « groupe P ».Comment avait-on découvert l'existence de SIVgor? L'affaire vaut d'être racontée.  Publiée en novembre 2006 dans Nature elle était  le fruit du travail d'une équipe internationale conduite par Martine Peeters et Eric Delaporte de l'Institut français de recherche pour le développement (IRD) et de l'Université de Montpellier alors associés aux Universités d'Alabama et de Nottingham ainsi qu'au projet «Prévention du Sida au Cameroun». Quelques mois auparavant l'équipe de Martine Peeters et Eric Delaporte  avaient pu démontrer que le réservoir des groupes M et N du VIH-1était une sous-espèce de chimpanzé vivant dans le bassin du Congo. Cependant, le mystère demeurait quant au réservoir du troisième groupe de VIH-1 infectant l'homme: le groupe O. A partir de la collecte patiente et méthodique de nombreux échantillons de fèces de différentes communautés de gorilles des régions les plus reculées de la  forêt tropicale camerounaise, les chercheurs purent mettre  en évidence des anticorps dirigés contre un nouveau SIV. Ils ont ensuite pu déterminer les caractéristiques génétiques du virus retrouvé chez trois gorilles vivant à plus de 400 km les uns des autres. Et le SIVgor présente la particularité d'être génétiquement proche d'un variant des virus humains du groupe O.Pour les chercheurs cette découverte faite chez les gorilles sauvages ne remettait pas en cause le fait que ce sont bien les chimpanzés qui constituent le réservoir primaire des virus SIV/VIH que l'on retrouve ensuite chez les gorilles et chez les hommes. «Les virus du groupe M et N sont, très clairement, la conséquence d'une transmission inter-espèce du chimpanzé à l'homme, alors que l'origine du VIH-1 groupe O est moins évidente, expliquait Martine Peeters. On ne peut exclure que des chimpanzés infectés par le VIH-1 groupe O aient pu contaminer l'homme et le gorille indépendamment, ou bien que le gorille, après avoir été contaminé par le chimpanzé ait contaminé l'homme». Les chercheurs ajoutaient que leurs résultats «ouvraient ainsi une véritable boite de Pandore» concernant la capacité de ces virus du sida à se transmettre d'une espèce à l'autre. Question centrale : comment les gorilles ont-ils  été contaminés? Une question d'autant plus troublante que les gorilles sont herbivores (ce qui exclut la contamination par voie sanguine lors de pratiques de chasse) et que les contacts entre chimpanzés et gorilles sont généralement considérés comme rares par les spécialistes de la chose simiesque. Et aujourd'hui nouvelle question: comment un virus présent chez des gorilles vivant au fin fond des forêts camerounaises a-t-il pu passer dans l'espèce humaine? Car c'est fait: un nouveau virus proche du SIVgor vient d'être découvert chez une femme d'origine camerounaise. Cette femme de 62 ans, chez qui une infection a été diagnostiquée en 2004 peu après son arrivée à Paris, ne présente pas de symptômes d'une infection au VIH. Cette femme a précisé aux chercheurs, qui nous le rapportent aujourd'hui via l'agence Reuters «n'avoir jamais eu de contact avec des gorilles mais avoir connu plusieurs partenaires sexuels après le décès de son époux». «Nous avons identifié un nouveau virus d'immunodéficience humaine chez une femme camerounaise. Il est proche du SIV des gorilles et ne montre aucune preuve de recombinaison avec d'autres familles du VIH-1 ou avec le SIV des chimpanzés» explique Jean-Christophe Plantier qui a dirigé le travail publié dans Nature Medicine. Nos conclusions indiquent que les gorilles, en plus des chimpanzés, sont de probables sources de VIH-1. Cette découverte de cette souligne la nécessité de surveiller étroitement l'émergence de nouveaux variants du VIH, particulièrement dans les pays du centre de l'Afrique de l'Ouest, origine de tous les groupes de VIH-1 existants.» Les chercheurs avaient tout d'abord pensé que leur patiente était infectée par un virus du groupe O mais le séquençage complet du génome du virus  a permis d'établir qu'il s'agissait d'un nouveau groupe. Selon eux l'impact de ce nouveau groupe P pourrait se situer sensiblement au même niveau que le groupe O. «Il s'agit de cas  rares, mais à ne pas négliger parce que ce genre de virus variants  soulèvent des difficultés diagnostiques et thérapeutique, souligne Marie Leoz, l'une des signataires. La patiente chez qui le nouveau variant a été identifiée va bien. Sur la  base du séquençage, on a pu déterminer quels étaient les traitements adéquats par rapport aux mutations qu'elle présentait et elle a très bien répondu. Il y a peu de chance que cette patiente soit le premier cas, étant donné  notamment son mode de vie.»
La contamination par voie sexuelle s'est vraisemblablement produite au Cameroun, où les chercheurs estiment qu'il faut désormais enquêter. La séquence génétique du nouveau variant a été mise en ligne sur la GenBank. On estime à vingt-cinq millions le nombre des personnes actuellement infectées par le VIH-1 et à vingt-cinq millions le nombre de celles qui sont mortes des suites de cette infection virale. Jean-Yves Nau
Image de Une: Un gorille dans la forêt en Ouganda  Molly Riley / Reuters