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Grippe: le portrait chinois du H7N9, cousin du H5N1

Jean-Yves Nau, mis à jour le 03.05.2013 à 5 h 43

Une enquête chinoise de généalogie génétique vient de découvrir que ce nouveau virus grippal dangereux pour l’homme est bien le fruit d’échanges entre oiseaux migrateurs, canards et poulets. Rien de particulièrement rassurant puisqu’il ne les rend pas malades.

Abattoir de volailles à Shanghai, en avril 2013. REUTERS/Stringer

Abattoir de volailles à Shanghai, en avril 2013. REUTERS/Stringer

Les résultats du travail chinois ont été rendus publics le 1er mai sur le site du Lancet. Au terme d’une grosse enquête de généalogie virologique et génétique menée manu militari, l’équipe de dix-huit chercheurs dirigés par le Prof George F Gao (Institute of Microbiology, Chinese Academy of Sciences) a établi l’arbre phylogénétique du nouveau virus A(H7N9). C’est une étape importante en ce qu’elle nous établit la filiation de ce nouveau pathogène de l’homme.

Apparu en février et formellement identifié le 30 mars dernier, ce nouveau virus est aujourd’hui présent dans six provinces chinoises (Shanghai, Anhui, Jiangsu, Zhejiang, Pékin, et Henan). Une centaine de cas humains ont pu être diagnostiqués avec certitude dont un quart ont été mortels. Les victimes ont tous montré les symptômes d’une infection respiratoire incontrôlable. Ces symptômes sont très voisins à ceux observés lors des infections par A(H5N1): fièvre élevée et symptomatologie des voies respiratoires inférieures (avec difficultés notables à respirer), suivies par l’apparition d’une insuffisance respiratoire mortelle dans les trois à quatorze jours.

Dans l’histoire de la virologie, c’est la première fois que l’on observe un début d’épidémie humaine due à un virus grippal de sous-type H7N9. Seuls des virus plus ou moins similaires (H7N1, H7N2, H7N3 et H7N7) avaient jusqu’ici identifiés. On savait d’autre part que des virus H7 et N9 circulaient et évoluaient dans des populations d’oiseaux sauvages des Amériques, d’Océanie et d’Eurasie. 

Les premières enquêtes virologiques chinoises avaient permis de montrer que les malades avaient souvent été exposés à des volailles, du fait de leur profession ou du fait de leur présence sur des marchés de volailles vivantes à ciel ouvert très fréquents en Chine. Différents prélèvements de cloaques faits à l’écouvillon sur des volailles de marchés susceptibles d’être concernés avaient retrouvés le virus H7N9 sur des pigeons et sur des poulets; mais pas sur des cailles ou sur des canards. Et à la différence, notable, du H5N1, le H7N9 n’est pas pathogène chez les oiseaux.

«Il s’agit là pour nous d’une situation exceptionnelle  au sens où l’homme peut être affecté et que l’oiseau ne l’est pas», a expliqué à Slate.fr le Dr Bernard Vallat, directeur général de l’Organisation mondiale de la santé animale (OIE). C’est aussi une situation qui complique considérablement la surveillance et l’action sanitaire puisque le réservoir animal viral ne peut aujourd’hui être identifié et détruit.

Le nouveau travail publié par The Lancet permet de lever un pan du mystère des origines. Au terme d’une vaste enquête, les virologistes chinois disposent d’une série de preuves moléculaires. Les chercheurs on ici comparé leurs prélèvements à l’ensemble des structures génétiques virales publiquement accessibles au sein de la Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data (GISAID). En retour, cette base de données publie l’ensemble des informations scientifiques disponibles sur ce nouveau pathogène. C’est là un mode exemplaire de coopération internationale et de partage des données qui tranche avec les oppositions et les intérêts nationaux tels qu’ils avaient notamment pu être observés lors de l’épidémie due au  H5N1.

Il apparaît ainsi que le H7N9 actuel est la résultante de nombreux échanges de matériels génétiques et de réassortiments et réarrangements structurels viraux. Ses antigènes de surface de type H ont toutes les caractéristiques d’une filiation via les canards et ceux de type N aurait voyagé et évolué dans des populations d’oiseaux migrateurs infectés le long des voies de migration de l’Asie de l'Est.

Quant aux six gènes internes de ce virus, tout laisse penser aux chercheurs qu’ils sont originaires de deux groupes différents de virus H9N2 d’une grippe aviaire, qui ont été isolés à partir de poulets. Des analyses génétiques complémentaires montrent d’autre part que les canards et les poulets probablement agi comme hôtes intermédiaires conduisant à l'émergence de ce virus H7N9 désormais virulent et potentiellement mortel pour l’homme.

Tout ce serait donc passé comme si ce nouveau pathogène n’avait (comme le H5N1) pas eu besoin d’intermédiaires chez les mammifères. C’est là une différence notable avec le virus de la pandémie de «grippe porcine» due au H1N1 de 2009. C’est aussi une différence de taille avec le scénario du film «Contagion» de  Steven Soderbergh sorti en 2011.

Pour autant, ce n’est en rien une donnée rassurante. Et rien n’est ici à attendre de la science génétique: capable d’établir les arbres généalogiques des virus, elle ne sait pas encore prédire quelles seront leurs descendances. Pour l’heure, en France, des mesures de vigilance ont été mises en place: elles concernent les voyageurs de retour de Chine chez lesquels  un syndrome grippal est observé.

Jean-Yves Nau

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Journaliste
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