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Une mystérieuse bactérie retrouvée dans le lac Vostok

Pamela Duboc, mis à jour le 13.03.2013 à 15 h 02

Le célèbre lac de l'Antarctique pourrait contenir de la vie, à des concentrations minimes.

Vue générale du camp de recherche de Vostok, en Antarctique, en janvier 2005. REUTERS/Alexey Ekaikin/Handout.

Vue générale du camp de recherche de Vostok, en Antarctique, en janvier 2005. REUTERS/Alexey Ekaikin/Handout.

Le lac Vostok pourrait contenir des bactéries inconnues ailleurs, alors que les conditions extrêmes dans ce lac subglaciaire isolé depuis 20 millions d’années laissaient penser que cela ne pourrait pas être le cas. Une découverte survenue à l'issue de forages qui avaient suscité la controverse en raison d’une contamination possible de ses eaux cristallines.

L’agence de presse russe Ria Novosti citait, jeudi 7 mars, Sergei Bulat, un généticien de Saint-Petersbourg qui s’est occupé des échantillons prélevés dans le lac Vostok après vingt années de forage au travers de 3.770 m de glace:

«Après avoir exclus tous les contaminants connus… nous avons trouvé de l’ADN bactérien qui ne correspond à aucune autre espèce listée dans les bases de données globales. Nous l’appelons une vie non identifiée et non classifiée.»

On avait déjà cru trouver dans la glace d’accrétion (l’eau du lac qui gèle au contact de la base de la calotte) du lac Vostok des traces de vie en 1999. Les résultats de l’équipe du chercheur américano-roumain John C. Priscu, qui avaient été publiés dans le prestigieux journal Science, avaient été réfutés par Sergeï Bulat lui-même.

Le lac était considéré comme stérile

En 2004, le généticien et astrobiologiste avait, avec ses collègues, pris trois ans pour faire état de toutes les contaminations trouvées dans les échantillons (contaminations qui viennent le plus souvent du liquide de forage). Il en avait déduit qu’une seule bactérie, que l’on trouve habituellement dans les sources chaudes, provenait véritablement des eaux du lac.

Il considérait même que le lac était stérile, notamment en raison d’une probable très haute teneur en oxygène. Les bactéries thermophiles dont il avait retrouvé la trace dans des inclusions de la glace d’accrétion provenaient certainement du sol rocheux du lac, contre lequel le glacier avait frotté pendant sa migration vers la surface.

Le paléoclimatologue Jean-Robert Petit a travaillé avec Sergeï Bulat lors de l’analyse de ces glaces d’accrétion. Il partageait jusqu’ici le scepticisme de celui-ci à propos d’une vie dans le lac Vostok, mais se dit aujourd’hui à Slate.fr «très impatient de lire l’article relatant les résultats de l’équipe». Il pense que l’on peut faire confiance aux recherches de Sergeï Bulat:

«Il s’est constitué tout un catalogue des contaminations possibles, auquel il a comparé les traces de vie trouvées dans les échantillons. On peut penser qu’il a une certaine maîtrise de ces contaminations.»

Ces traces de vie sont seulement des fragments d’ADN. On estime à une à deux cellules par litre les concentrations trouvées dans les échantillons, que les scientifiques peuvent analyser grâce à des systèmes d’amplification. Il faut savoir que l’on considère habituellement comme stériles des échantillons contenant moins d’1 million de cellules par litre.

Retrouver une cellule que l’on pourrait ensuite cultiver dans des échantillons de si basse concentration dépasse de loin le problème de l’aiguille dans la botte de foin. Il faudra pour l'instant se contenter des comparaisons avec l'ADN répertorié dans la Gene Bank, la base de données qui contient toutes les séquences disponibles publiquement. Il sera ainsi peut-être possible de situer la bactérie de Sergeï Bulat dans l'arbre généalogique des microorganismes.

Quelle concentration en oxygène?

S'il s'agit réellement d'une espèce isolée depuis aussi longtemps que le lac (qui d'ailleurs ne l'est peut-être pas complètement, à causes de renouvellements d'eau liés aux mouvements du glacier), il se pourrait bien qu'elle ne ressemble à rien de connu. Jean-Robert Petit dit que «le milieu bactérien est très inconnu, nous connaissons au maximum 5 à 10% des bactéries qui nous entourent».

Il n'est donc pas nécessaire d'aller jusqu'en Antarctique pour trouver de nouvelles espèces. Mais il est souvent compliqué d'identifier et de répertorier les bactéries que l'on isole, tant il est difficile pour la plupart de pousser en laboratoire.

De nouvelles informations pourraient provenir d’échantillons prélevés plus récemment. Jean-Robert Petit pense que la grande question qu’il faut se poser à présent est «d’où viendrait cette forme de vie, si l’excès en oxygène [qui, à une certaine teneur, est considéré habituellement comme incompatible avec la vie, ndlr] dans l’eau du lac est tel qu’on le pense?». Les nouveaux échantillons permettront de tester directement l’air contenu dans l’eau du lac et de mesurer cette quantité d'oxygène.

Pamela Duboc

Article modifié le 13 mars: le lac se trouve à 3.770 m de profondeur et non 3.170 m. Malgré une petite controverse, il s'avère que le lac Vostok est bien isolé. Ses eaux se renouvellent à cause de la fonte du glacier, qui intervient en zones profondes à cause de l'élévation de la pression (le lac y est enfoui sous 4200m de glace), et du gel des eaux du lac (glace d'accrétion) au-dessus de Vostok. Merci à Jean-Robert Petit pour ces précision.

Pamela Duboc
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